湖泊、水库通常只设监测垂线，如有特殊情况也可设置蓝洲断面。布设时，首先判断湖、库是单一水体还是复杂水修：考房汇入湖、库的河流数量，水体的径流量、季节变化及动态变化，沿岸污染源分布及污染物扩散与自净规律、生态环址特点等。然后按照以下原则确定监测垂线（或断面）的位置。
(1) 在进出湖泊、水库的河流汇合处分别设置监测垂线（或断面）。
(2) 在湖（库）区的不同水域（如城市和工厂的排污口、饮用水源、风景游览区、深水区、浅水区、湖心区、岸边区等）按水体类别设置监测垂线。
(3) 湖（库）区若无明显功能区别，可用网格法均匀设置监测垂线。
(4) 受污染物影响较大的重要湖泊、水库，应在污染物主要输送路线上设置控制断面。
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