生物性污染是指病原微生物排入水体后，可直接或间接地传染各种疾病。衡量指标主要有细菌总数、大肠菌群等。污染水体的微生物种类很多，其中有病毒、细菌、寄生虫等。
(1) 病毒主要包括有脊髓灰质炎病毒、柯萨基病毒、腺病毒、呼肠孤病毒和肝炎病毒等。这些病毒一般存在于病人肠道，通过类便污染水体，再间接危害人体。
(2) 细菌是污染水体的主要污染物，它包括肠道细菌（大肠面群、结核杆菌等）和病原菌（沙门南、霍乱弧菌、结核菌等）这些组简可导致人体患上各种急性传染病，如伤寒、霍乱等疾病以及肠道疾病，
(3) 寄生虫主要包括溶组织阿米巴、麦地那线虫、兰泊贾弟虫、血吸虫以及肠道的钩虫、组虫、限虫、姜片虫、烧虫、猪肉缘虫、牛肉缘虫、短服壳缘虫、细粒棘状缘虫等，它们通过动物或病人的类便污染水体，再通过污染的水体、土壤等途径传播至人体。
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