水质污染通过两条途径进入人体，一是污染物直接从饮用水进入人体，二是间接通过食物链在食物中富集再转入人体内，并在人体内累积形成危害。
由食物链进入人体的污染不仅危害严重，而且还会延续很多年。在生物循环系统中，污染物会随着食物造能量流动和营养物质循环而不断积累和富集，可使许多不能造成危害的改量毒物，富集到足以引起严重中毒甚至死亡的浓度。污水中含有高法度有机污染物，如盼、多氯联苯、石油以及铅、铜、铭、铜、饱、锌、求等，这些物质对植物和动物都有毒害作用，并通过食物链进而对人体产生毒害作用。例如承通过海水→藻水→小鱼类→食肉性鱼类这一食物链时，其在食肉性鱼类体中的含量是最初的1000~2000倍，这种生物富集对处于食物链金字塔项端的人的危害就不言而喻了。
另外，没有达到排放标准的污水排到环境中，由于污染物质的性质、浓度和持续时间等因素的综合影响，会在某一地区引起难闻的气味、水体富营养化以及供水污染，从而导致附近居民中大多数人有不适感觉，甚至产生地方病等。
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