监测断面在总体和宏观上需能反映水系或所在区域的水环境质量状况。各断面的具体位置需能反映所在区域环境的可染特征：尽可能以最少的断面获取足够的有代表性的环境信息：同时还需考虑实际采样时的可行性和方便性。具体原则如下：
(1) 对该域或水系要设立背景断面、控制断面（若干）和入海口断面，对行政区域可设背景断面（对水系源头）或入境断面(对过境河流）或对照断面、控制断面（若干）和入海河口断面或出境断面。在各控制断面下游，如果河段有足够长度（至少10km),还应设消减断面。
(2) 根据水体功能区设置控制监测断面，同一水体功能区至少要设置1个监测断面。
(3) 断面位置应避开死水区、回水区、排污口处，尽量选择顺直河段、河床稳定、水流平稳，水面宽阔、无急流、无浅滩处。
(4) 监测断面力求与水文测流断面一致，以便利用其水文参数，实现水质监测与水量监测的结合。
(5) 监测断面的布设应考虑社会经济发展、监测工作的实际状况和需要，要具有相对的长远性。
(6) 监测断面的设置数量，应根据掌握水环境质量状况的实际需要，考虑对污染物时空分布和变化规律的了解、优化的基础上，以最少的断面、垂线和测点取得代表性最好的监测数据。
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